делать под каждый регион отдельный магазин, где выставлять ценники на товар со включенной доставкой, иной схемы не вижу
тут еще гражданин скачет (похоже, небезвозмездно) с доказательствами, что так вообще и должно быть, т.е. магазин из Питера должен прод