Если после изменений у вас теперь один активный склад продавца на схеме FBS, то одновременно отгружать часть из Екатеринбурга, а часть из Краснодара уже не получится. Заказы будут падать на тот склад, который сейчас выбран и доступен в настройках как активный источник отгрузки.