Товары в транзите не должны автоматически считаться обезличкой, поэтому, скорее всего, в обезличке отразились позиции, которые склад не смог корректно распознать. Сверьте список этих 40 товаров с последними отгрузками и возвратами, чтобы понять, ваши ли это единицы и по каким ШК они зависли.
