Если по ФБС пришёл заказ на нулевой остаток, сначала проверьте, нет ли товара фактически на складе или в резерве после несинхронного обновления остатков. Если товара точно нет, заказ придётся отменить и сразу поправить остатки, чтобы ситуация не повторялась.