Если расхождения по принятому товару повторяются на каждой поставке, начинайте фиксировать процесс отгрузки полностью: фото каждой коробки, штрихкодов, содержимого и итогового количества перед сдачей. Без такой доказательной базы разбирать системную недостачу намного сложнее, особенно когда поддержка молчит.