Если часть товара со склада СЦ Москва видна в регионе, а часть с того же склада нет, обычно причина в самих карточках: разные габариты, ограничения по доставке, остатки или статус товара. Сравните у видимых и невидимых позиций одинаковые ли настройки склада, остатка и доступности по региону.