Если файл с ценами загружается без ошибки, но ничего не меняется, значит система либо не применяет обновление, либо в шаблоне не совпадают артикулы и нужные поля. Проще всего скачать свежую выгрузку, поменять только одну позицию и проверить, обновится ли она точечно.