Проблема не всегда в том, что вы ошиблись с размерами: площадка может считать по своим замерам или применять тариф по большему объёму упаковки. Если расхождение постоянное, проверьте, совпадают ли карточка, этикетка и реальные размеры коробки при отгрузке.