Монокороб может не выбираться не из-за количества коробов, а из-за настроек конкретного склада или типа поставки. Если у вас всего два короба, попробуйте удалить черновик и создать новую поставку с тем же товаром — иногда после пересчёта вариант монокороба снова появляется.