Если скидки настроены, файл принят, но цена не изменилась, значит обновление зависло уже после загрузки и витрина не подтянула новые условия. Сейчас лучше проверить несколько конкретных артикулов вручную и не делать повторную массовую загрузку, пока не станет ясно, применяются ли изменения вообще.
