Если таблица с ценами загружается, но изменения не применяются, значит файл принимается формально, а обновление на витрину не проходит из-за сбоя. Проверьте, изменились ли цены хотя бы в кабинете по этим SKU, и не загружайте один и тот же файл много раз подряд.