По недостаче при приемке на склад нужно писать обращение именно по поставке, а не в общий чат, и сразу прикладывать номер поставки, акт, количество сданного и количество принятого. Чем быстрее зафиксируете расхождение после приемки, тем выше шанс нормально разобрать недостачу.